보건복지부에서 전통의학 관련 업무를 전담하는 부서는 한방정책관실이다.
보건복지부차관 직속 부서인 한방정책관실은 한방의료담당관실과 한약담당관실로 구성되어 있다. 각 담당관실은 6~7명으로 구성되어 있는데 이 가운데 침구사 등 한방의료유사업자에 관한 업무를 맡고 있는 담당자는 단 1명이다. 더구나 이 담당자는 침구사 등 한방의료유사업자에 관한 사항 외에도 3~4가지 이상의 업무를 담당하고 하고 있다.
반면, 한약 관련 업무를 담당하고 있는 인원은 10명이 훨씬 넘는다. 부서명 자체가 드러내고 있듯이 한약담당관실은 한약 관련 업무만을 담당하는 부서이다. 그 외에 한방의료담당관실 내에도 적지 않은 인원이 한약 및 한의사와 관련된 업무를 보고 있다.

보건복지부의 전통의학 육성 정책이 한방(약제)의료 중심으로 흐르는 데에는 크게 세 가지 이유가 있다. 첫째, 관련 업무를 담당하고 있는 인적자원의 편중이다. 위의 보건복지부 한방정책관실 내 인력 구성의 단순 비교가 증명하듯, 보건복지부 내 전통의학 정책 담당자의 대다수는 한방(약제)의료와 관련된 일을 하고 있다.
둘째는 한약담당관실과 한방의료담당관실 인력 중에 한의사 출신자가 있다는 사실이다. 직능단체의 이해를 대표하는 이가 정책 핵심부서에 근무하거나 정책결정자일 때 공평무사한 정책이 수립되기 어렵다는 것은 굳이 설명하지 않아도 되는 사실이다.
셋째는 그때부터 지금까지 보건복지부는 침구담당관이나 침구제도담당관, 침구정책과 등 침구제도를 입안하고 침구술을 발전시키기 위한 전담부서를 설치하지 않고 있다는 점이다.

침구정책 및 제도가 발전하기 위해서는 위의 세 가지 문제점이 해결되어야 한다. 우선 보건복지부 내에 침뜸의료를 전담하는 부서를 설치해야 한다. 아직 갈 길이 멀지만, 한방(약제)의료 부서가 설치된 이후 우리나라의 한방(의료)정책은 짧은 기간 동안 적지 않은 발전을 이루었다. 침구분야에서도 전문적이면서 참신한, 그리고 획기적인 침구정책이 개발되고 침구술이 발전하기 위해서는 반드시 침뜸의료를 전담하는 부서가 있어야 한다.
둘째, 한방정책관실의 개념을 전통의학정책관실로 바로 세우고 인적,물적,재정적 차원에서 한방(약제)의료와 침뜸의료가 균형을 이룰 수 있게 배려해야 한다.
셋째, 전통의학담당자 가운데 특정 직능단체의 이해를 대표하는 인력을 배치하지 말아야 한다. 만일 전문성을 위해 직능단체와 직접적으로 관계있는 인력을 불가피하게 선발, 배치해야 한다면 특정집단에 치중되지 않으며 형평성을 유지할 수 있는 수준이어야 한다. 이렇게 할 때만이 침뜸의료와 한방(약제)의료를 포함한 우리나라 전통의학 전체는 균형 있게 발전할 수 있을 것이다.